学院现有计算机应用技术、计算机软件与理论、计算机系统结构、基础数学、应用数学、运筹学与控制论等六个硕士点和软件工程、计算机技术二个工程硕士点。

学院下设两个系（数学系、计算机系）、两个中心（教学管理中心、实验中心）、七个研究所（计算机应用技术、计算机软件与理论、计算机系统结构、基础数学、应用数学、信息与计算科学、概率论与数理统计）、一个计算机基础教研室。学院参与建设的“计算机与电子信息工程”重点学科是福州大学“211工程”八个重点学科之一。应用数学、计算机应用技术两个学科点为福建省高等学校重点学科。计算机科学技术类和信息计算科学与应用数学类前二年为基础教育，第三年后，根据学生学习情况和意愿选择专业方向。

计算机科学技术类（包括计算机科学与技术、网络工程、信息安全三个专业）

计算机科学与技术专业

本专业按照“重视理论、软硬结合、加强实践、着眼应用、跟上发展”的指导思想设置课程，组织教学。通过学习，使学生具有扎实的计算机理论基础和基本技能，具备较宽的知识面和较强的适应能力。毕业后可以在计算机软硬件应用系统、计算机辅助设计、计算机辅助教学、过程控制、图形处理、管理信息系统、计算机网络、计算机通讯、多媒体、汉字处理等领域中从事科研、应用开发和教学工作，学生就业供不应求。学制四年。

网络工程专业

本专业按照“依托产业、面向工程、强调技能、注重创新”的办学思想，采用国内外先进的计算机网络人才培养模式，培养符合国际规范和具有竞争能力的计算机网络系统规划设计、研究开发、项目管理和运行维护的高级专门人才。毕业后可在企事业单位进行计算机网络研发、管理和服务工作，也可以在高等院校、科研机关进行教学和科研工作。学制四年。

信息安全专业

信息安全是国家重点发展的新兴交叉学科，它和政府、国防、金融、电子、商业、制造行业等部门密切相关，具有广阔的发展前景。本专业的目标是培养适应社会主义现代化建设急需的德、智、体、美全面发展，具有宽基础、高素质、有创新精神和实践能力的信息安全高级专门人才。通过本专业的学习，学生可以掌握在网络环境下计算机、通信、电子信息、电子政务、电子商务、电子金融等领域的信息安全理论知识和工程应用技术，毕业后可在政府部门和相关企业从事信息与网络安全方面的科研、开发、管理、教学等工作。学制四年。

信息计算科学与应用数学类（包括信息与计算科学、数学与应用数学两个专业）

数学与应用数学专业

本专业培养具有坚实的数学理论基础、能应用数学方法，掌握计算机各类算法及其实现和软件开发基本技能和高级科技人才。学生除学习应用数学理论外，还学习网络及信息管理技术、多媒体技术应用、Web媒体创意、金融电子化、保险精算等课程。毕业后可在政府机关、事业单位、部队以及各类企业（公司）从事计算机应用、系统开发以及信息管理技术工作，可在大中专院校和科研部门从事教学和科研工作。学制四年。

信息与计算科学专业

本专业培养具有良好的数学素质，掌握信息科学和计算科学的基本理论和方法，能熟练使用计算机，具有较强的算法分析、设计和软件开发能力，了解信息科学与计算科学发展的高级专门人才。学习的主干课程有数学和计算机科学与技术。毕业后能使用现代数学方法、信息论和计算机从事信息系统的设计、计算分析和管理工作，也可在信息科学与计算科学领域从事科研和教学工作。学制四年。